Por partes.

Los primeros que podeis tener problemas sois la persona que factura por ti y tu, puesto que estais haciendo algo que es completamente ilegal, ésta persona que factura en tu nombre no se en que problemas puede poner a tus clientes.

En una sociedad limitada, por un lado se paga el IVA de cada factura, un 16%. Al final del año se paga el 25% de los beneficios que haya generado esa empresa (antes era un 30%).

Éste tipo de gente que hace facturas falsas, suele ser gente que necesita blanquear dinero, es decir, que cobra en negro y por lo tanto a nivel contable suelen tener pérdidas o quedar casi "en paces" a la hora de calcular los beneficios anuales.

Yo te recomendaría que olvides por completo ese tipo de chanchullos, sobre todo si tienes esos problemas y te des de alta como autónomo