Hola, efectivamente la empresa tiene obligación de retener en función de todos los ingresos (fijo + variable) que tenga el trabajador.
A principios de año se calcula la retención a aplicar a cada trabajador. Si la empresa solo pasa a la asesoría la parte del sueldo fijo, la retención se calcula efectivamente sobre este sueldo. En cuando hay un cambio de sueldo (comisiones) o en todo caso, trimestralmente, la empresa tiene obligación de ajustar las retenciones.
En vuestro caso, estáis aplicando el variable (comisione) en un periodo muy tarde del año. Como no hay meses suficientes para ajustar la retención, por eso os hace un ajuste mayor en el mes del cobro de la comisión.
Si la empresa no regulariza y aumenta estas retenciones es cierto que hacienda se lo puede reclamar posteriormente. De fomra que esa diferencia se habría pagado dos veces a hacienda (una el trabajador a través de sus declaración de la renta y otra la empresa cuando se lo reclame Hacienda)
Espero haberte aclarado tus dudas.
Un saludo,
Árticas
www.articas.es